SOAL :
1.
Carilah dan download sekuens
nukleotida dg accession Number berikut: AB485685.1; AB485692.1; AB478782.1; AB485687.1;
GU109270.1. Gen-gen apa ini,
dan berasal dari organisme apa? Buat alignment dari sekuens2 tsb dan
jelaskan kekerabatan dari gen-gen tersebut!
2.
Carilah
dan download sekuens asam amino dg accession Number berikut: ABD91578.1; AAF02819.1;
CAA74745.1; AAG21133.1; CAA60170.1.
Protein-protein apa ini, dan berasal dari organisme apa? (nilai 5) Buat alignment dari sekuens2 tsb dan jelaskan
kekerabatan dari gen-gen tersebut!
3.
Berikut
adalah hasil sekuens gen penyandi 16S rRNA dari isolat bakteri (3a,3b, 3c) yg
tidak diketahui spesiesnya.
>3a
TGGAgCTTGCTCTGGTGGATTAGTGGCGAACGGGTGAGTAACACGTGAGCAACCTgCCCCTGACTCTGGGATAAGCGCTGGAAACGGCGTCTAaTACTGGATATGTCCCGTCACCGCATGGTGTGCGGGTGGAAAGATTTTTCGGTTGGGGATGGGCTCGCGGCCTATCAGCTTGTTGGTGAGGTAATGGCTCACCAAGGCGTCGACGGGTAGCCGGCCTGAGAGGGTGACCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGGAAGCCTGATGCAGCAACGCCGCGTGAGGGATGACGGCCTTCGGGTTGTAAACCTCTTTTAGCAGGGAAGAAGCGAGAGTGACGGTACCTGCAGAAAAAGCACCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGTGCAAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGAGCTCGTAGGCGGTCTGTCGCGTCTGCTGTGAAATTCCGAGGCTCAACCTCGGGCTTGCAGTGGGTACGGGCAGACTAGAGTGCGGTAGGGGAGATTGGAATTCCTGGTGTAGCGGTGGAATGCGCAGATATCAGGAGGAACACCGATGGCGAAGGCAGATCTCTGGGCCGTAACTGACGCTGAGGAGCGAAAGGGTGGGGAGCAAACAGGCTTAGATACCCTGGTAGTCCACCCCGTAAACGTTGGGAACTAGTTGTGGGGTCCTTTCCACGGATTCCGTGACGCAGCTAACGCATTAAGTTCCCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGCTAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGCGGAGCATGCGGATTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGGCTTGACATACACGAGAACGGGCCAGAAATGGTCAACTCTTTGGACACTCGTGAACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTCGTTCTATGTTGCCAGCACGTAATGGTGGGAACTCATGGGATACTGCCGGGGTCAACTCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGTCTTGGGCTTCACGCATGCTACAATGGCCGGTACAATGGGCTGCGATACCGTAAGGTGGAGCGAATCCCAAAAAGCCGGTCCCAGTTCGGATTGAGGTCTGCaAcTCGACCTCATGAAGTCGGAGTCGCTAGTAATCGCAGATCAGC
>3b
TGCTGACCTGCGATTACTAGCGATTCCGACTTCATGCAGGCGAGTTGCAGCCTGCAATCCGAACTGAGAACGGCTTTCTGGGATTGGCTCCACCTCGCGGCTTCGCTGCCCTTTGTACCGTCCATTGTAGCACGTGTGTAGCCCAACTCATAAGGGGCATGATGATTTGACGTCATCCCCACCTTCCTCCGGTTTGTCACCGGCAGTCTCCTTAGAGTGCCCAACCAAATGCTGGCAACTAAGGACAAGGGTTGCGCTCGTTGCGGGACTTAACCCAACATCTCACGACACGAGCTGACGACAACCATGCACCACCTGTCACCCCTGCCCCCGAAGGGGAAGGTACATCTCTGTACCGGTCAGGGGGATGTCAAGAGTTGGTAAGGTTCTTCGCGTTGCTTCGAATTAAACCACATGCTCCACCGCTTGTGCGGGTCCCCGTCAATTCCTTTGAGTTTCAGCCTTGCGACCGTACTCCCCAGGcggAgTGCTTAATGCGTTAGCTTCAGCACTGAAGGGCGGAAACCCTCCAACACCTAGCACTCATCGTTTACGGCGTGGACTACCAGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGCGCCTCAGCGTCAGTTATAGGCCAAAGAGTCGCCTTCGCCACTGGTGTTCCTCCACATCTCTACGCATTTCACCGCTACACGTGGAATTCCACTCTTCTCTCCTATACTCAAGCCTCCCAGTTTCCAATGGCCCTCCCCGGTTGAGCCGGGGGCTTTCACATCAGACTTAAgAGGCCGCCTGCGCGCGCTTTACGCCCAATAATTCCGGACAaCGCTTGCCACCTACGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGTAGTTAGCCGTGGCTTTCTCGCAAGGTACCGTCAAGGTGCCGCCAtTGCCTGCGGcACTTGTTCTTCCcTTACAACAgAACTTtACgACCCGAAaGCcTTCATCGTTcACGCG
>3c
ANGCGGCGGACGGGTGAGNAATGCCTGGGAAATTGCCCTGATGTGGGGGATAACCATTGG
AAACGATGGCTAATACCGCATAATAGCTTCGGCTCAAAGAGGGGGACCTTCGGGCCTCTC
GCGTCAGGATATGCCCAGATGGGATTAGCTAGTTGGTGAGGTAAAGGCTCACCAAGGCGA
CGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGAC
TCCTACGGGAGGCAGCANTGGGGAATATTNCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCCATG
CCGCGTGTATGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGTACTTTCAGCAGTGAGGAAGGTGGTA
GTGTTAATAGCACTATCATTTGACGTTAGCTGCAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGTGCC
AGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCGAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCA
TGCAGGTGGTTTGTTAAGTCAGATGTGAAAGCCCGGGGCTCAACCTCGGAATTTGCATTT
GAAACTGGCAATACTAAANGTACTGTTAGAGNGGGGGTAGAATTTCANGTGTAANCGGGT
GAAATGCGGTAAANATCTTGAANGAATACCGGTGGCGAAAGGCGGGCCCCCTGGACAAAT
ACTGAACACTCAGANGCNGAAAGNCGNGGGGGAANCAANCAGGATTANATNNCCCTGGNT
ANTCCACCTCCGTAAACNAATGTTTACTTTGGNANGGTTNTNGNCNTTTGANCCCGNGGG
NTTTTCGGAAACTNANCCCGTTTAANTNAAACCGCCTTGGGGANNTCCCGNCCNCAGAAT
TTAAAAACNCNAGATNAATTTNGNCGNGGGCCCCCCCNAANCGGGTGNAANATNGTGGTT
TTAATTTCNAATNCCACCCCGAAANANCCCTTACCTNCTCNTTNGNATTNCCNAAAAATT
TNCCAAANTTNCTTTNNNGCNTCGGAAANNTCAAAACGGNNGCTTCATNGTCGNTNCCCC
ACNNNTNTGATAAAATGNTGGGGTNAANCCNNCNNAGGNCNANCCTTTNTCTTTTTTTCG
CNNCANTAGNTNNGGAAATNNCAGGNAAAANNCCNNGNAAAANCNNAANTANGTNGGAGA
NANTTNNATTTTATTGGNCCTATAATANGGGAACNACCNNNCTNANGNCGCNCAAAANGG
GGCCGTTTTNGAAANATNNNTNCCCAAATNNTNTANTCNTANAAANTGNNNCNNNNCGNT
TNNNACCTTANTAGGGNCAAAAACCNNNANTNTANCNNNTTTNNCCCCNCNNAANAANAN
NCCNNGCCNNNAAAAATTNNNACNAC
>3d
CTTCGGGTCTGCGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGAACGTGCCCTCTTCTGCGGAATA
GCCACTGGAAACGGTGAGTAATACCGCATACGCCCTTCGGGGGAAAGATTTATCGGAGGA
GGATCGGCCCGCGTTGGATTAGGTAGTTGGTGGGGTAATGGCCTACCAAGCCTACGATCC
ATAGCTGGTTTTAGAGGATGATCAGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTAC
GGGAGGCAGCAGTGGGGAATCTTAGACAATGGGCGCAAGCCTGATCTAGCCATGCCGCGT
GAGTGACGAAGGCCCTAGGGTCGTAAAGCTCTTTCGCCTGTGATGATAATGACAGTAGCA
GGTAAAGAAACCCCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGGGTTAGCG
TTGTTCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGTAGGCGGATCANAAAGTTGGGGGTGAAAT
CCCGGGGCTCAACCCCGGAACTGCCTCCAAAACTTCTGGTCTGGAGTTCGAGAGAGGTGA
GTGGAATTCCGAGTGTAGAGGTGAAATTCGTAGATATTCGGAGGAGCACCAGTGGCGAAG
GCGGCTCACTGGCTCGATACTGACGCTGAGGTGCGAAAGTGTGGGGAGCAAACAGGATTA
GATACCCTGGTAGTCCACACCGTAAACGATGAATGCCAGTCGTCGGCGCGCATGCGTGTC
GGTGACACACCTAACGGATTAAGCATTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGATTAAACTC
AAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTANTTCNAAGCAGCGC
GCAAAACCTTACNACCCTTGACATCCTGATCGCGGTGAGTGGANACACTTTCCTTCANTN
CGGCTGGATCANTGACAGGTGCTGCATGGCTGTCCTCNCCTCNTGTCGTGAAATGTTCGG
TTAATTCCGGAACNACGCANCCCAATNCCTATTGCCACANTTCGCTTGGNCCTCTNTGNA
ACTGCCCTGANAACNGGAAGAANGTNGGATAANTCAATCCNTTGNCCTNCGGTTGGCTAC
CCNTGCTAATGGGGGGANANGGNTATCCCNAANCCCTCCATTCGATGGGGTNGCACTCNC
CCTTAAATCGATCCTATATCCNTAAANTNACNGGGATCNTTCCGGCTTTTACCCCCCATC
NTANAATTCCGCCCCTGNGNCNCATNGGNANNCCNCNTGGAGNANNTGNATTTTANGNCC
Bandingkan dg sekuens yg ada di database,
isolat-isolat tsb paling dekat kekerabatannya dg spesies apa?
4.
Berikut adalah hasil sekuens
dari suatu gen yg tidak dikenal :
Bandingkan sekuens ini dg database protein.
>soal4
aaaaaatttg gagcaaatga
agtattgaga gatattaatc ttactgttga aaagggtgaa
gtggttgcaa
taattggacc atctggaagt ggtaaaagca ctttactccg ttgtatgaat
ttgttagatg
taccttcaaa aggtaaagtt atatttgaag ataatgaatt aactcaacat
aatgttcatt
tagataattt acgacaaaaa atgggtatgg tatttcaaaa ttttaattta
tttcctcata
aaaaggtcat tgaaaatgta atgttggcac cacttttatt acataaagat
agtaaagatc
aattaaaaga gaaagcttta tatttacttg aaaaagtggg gcttaaagac
aaagcagatt catatcctaa tcaactgtct ggaggtcaaa
aacaaagagt tgctattgca
Menyandikan
protein apakah potongan gen tersebut? Berasal dari organisme apa?
5.
Berikut adalah hasil sekuens
dari suatu potongan gen yg tidak dikenal.
>soal5
GTAACAGGAACGAATAAAGTAGGAACTGGTAAAGGTGTATTAGGAGATACGAAATCGCTTAATACAACGT
TATCTGGGTCATCTTACTACTTGCAAGATAATACGCGCGGGGCAACAATTTTCACATATGATGCGAAAAA
CCGTTCAACATTACCGGGAACATTATGGGCAGATGCAGATAATGTTTTCAATGCAGCGTATGATGCAGCA
GCAGTAGATGCTCATTTCTATGCTGGTAGAACATATGATTATTATAAAGCTACATTTAATAGAAACTCTA
TTAATGATGCAGGAGCACCATTAAAATCAACAGTTCATTACGGAAGTAAGTATAATAATGCATTCTGGAA
CGGTTCACAAATGGTATACGGAGATGGTGATGGTGTAACATTCACTTCATTATCTGGTGGAATTGATGTA
ATTGGTCACGAATTAACGCATGCTGTTACGGAAAATAGCTCGGATTTAATTTATCAAAATGAATCAGGAG
CGCTAAATGAAGCAATTTCTGATATCTTTGGTACTTTAGTAGAATACTATGATAATCGTAATCCAGATTG
GGAAATTGGTGAAGATATTTACACGCCTGGTAAAGCAGGAGATGCACTTCGCTCTATGAGTGATCCAGCG
AAATATGGTGACCCAGACCATTATTCTAAGCGTTACACTGGTACTAGTGATAACGGTGGGGTTCATACGA
ACAGTGGTATTATTAACAAGCAAGCTTATTTATTAGCAAATGGCGGTACGCATTCTGGTGTAACTGTAAC
TGGTATTGGTAAAGATAAATTAGGTGCGATTTACTACCGTGCAAATACACAGTATTTCACGCAATCTACT
ACATTTAGTCAAGCTCGTGCTGGTGCAGTACAAGCTGCAGCGGATTTATATGGTGCTAGCTCTGCAGAAG
TAAATGCAGTGAAGCAATCATTTAGTGCTGTTGGTATTAAC
Cari di database,
gen apakah ini? Berasal dari organisme apa?
JAWABAN :
Number
1.
Access
Numb. : AB485685.1
Spesies : Neotrygon kuhlii
Gen : COI
Access
Numb. : AB485692.1
Spesies : Dasyatis sp.
Gen : COI
Access
Numb. : AB478782.1
Spesies : Neoheterobothrium affine
Gen : COI
Access
Numb. : AB485687.1
Spesies : Dasyatis laevigata
Gen : COI
Access
Numb. : GU109270.1
Spesies : Eurythenes gryllus
Gen : COI
Setelah
dilakukan pembuatan aligment pada clustalW2 EBI didapati bahwa terlihat Phylogram
tree yang tergambar dapat diketahui bahwa sekuens gen terdekat adalah antara Spesies
Dasyatis sp. (Access Numb. : AB485692.1)
dan Dasyatis laevigata (Access Numb.
: AB485687.1) serta dari kelimanya yang memiliki kekerabatan paling jauh adalah
Spesies Neoheterobothrium affine (Access
Numb. : AB478782.1)
Number
2.
Access
Numb. : ABD91578.1
Protein
: lycopene beta-cyclase
Spesies : Carica papaya
Access
Numb. : AAF02819.1
Protein : lycopene beta cyclase
Spesies : Arabidopsis thaliana
Access
Numb. : CAA74745.1
Protein : lycopene epsilon-cyclase
Spesies : Solanum lycopersicum
Access
Numb. : AAG21133.1
Protein : chromoplast-specific lycopene
beta-cyclase
Spesies : Solanum lycopersicum
Access
Numb. : CAA60170.1
Protein : lycopene beta-cyclase
Spesies : Solanum lycopersicum
Setelah
dilakukan pembuatan aligment pada clustalW2 EBI didapati bahwa terlihat
Phylogram tree yang tergambar dapat diketahui bahwa protein yang paling dekat
kekerabatannya adalah antara Spesies Solanum
lycopersicum (Access Numb. : CAA60170.1, Protein : lycopene beta-cyclase)
dan Carica papaya (Access Numb. : ABD91578.1,
Protein : lycopene beta-cyclase) sedang yang paling jauh adalah Spesies Solanum lycopersicum (Access Numb. : CAA74745.1,
Protein : lycopene epsilon-cyclase)
Number
3
Sekuens
Gen 3a memiliki kekerabatan terdekat dengan Uncultured Microbacterium sp.
Sekuens
Gen 3b memiliki kekerabatan terdekat dengan Exiguobacterium
sp.
Sekuens
Gen 3c memiliki kekerabatan terdekat dengan Vibrio
sp.
Sekuens
Gen 3d memiliki kekerabatan terdekat dengan Roseovarius
sp.
Number
4
Sekuens
Protein ini menyandikan ABC transporter, ATP-binding protein
dari
spesies Staphylococcus epidermidis
SK135.
Number
5
Potongan
Sekuens Gen tersebut berasal dari Gen Neutral Protease (NP) dari spesies Bacillus cereu.
LAMPIRAN : download
Source :
www.ncbi.nlm.nih.gov
www.ebi.ac.uk
