NCBI (National Centre for
Biotechnology Information) merupakan suatu institusi yang memiliki konsentrasi
sebagai sumber informasi dalam perkembangan Biologi Molekuler. NCBI membuat
suatu database yang dapat diakses oleh publik guna merangsang perkembangan riset
biologi komputasi, dalam mengembangkan software penganalisis data genome dan
menyebarkan informasi tentang biomedical yang diharapkan terarah menuju ke
pemahaman yang lebih baik terhadap proses – proses molekuler. NCBI dalam
situsnya (www.ncbi.nlm.nih.gov) menyediakan beberapa fitur menu populer, yaitu
BLAST, Pubmed, Pubmed Central, Pubmed Health, Pubchem, Gene, Genome, Nucleotide
Protein, SNP, Protein, dan Bookself.
Salah satu menu terpopuler pada
NCBI adalah BLAST. BLAST adalah alat perangkat lunak yang dimanfaatkan untuk
menganalisis dua sekuens dalam rangka untuk memutuskan apakah ada kemiripan
urutan antara dua sekuens. Urutan dapat berupa dua sekuens nukleotida atau dua
urutan protein. Dari kesamaan urutan, homologi dapat disimpulkan, meskipun ada
perbedaan jelas antara keduanya. Homologi menunjukkan bahwa urutan dipelajari
berasal dari urutan leluhur umum. Homologi antara urutan ini juga menunjukkan
(tetapi tidak cukup untuk membuktikan) fungsi serupa di tingkat molekuler. Kesalahpahaman
tentang makna istilah dapat diilustrasikan oleh pernyataan seperti, “dua urutan
yang 66% homolog” dan “homologi ada untuk gelar ini”. Homologi tidak didasarkan
pada persentase atau gelar; keberadaannya adalah ekstrim. Homologi baik ada
antara urutan atau tidak. BLAST didasarkan pada gagasan persen-kesamaan antara
urutan, model statistik dari distribusi mendapatkan urutan nukleotida yang
diberikan oleh kebetulan. Jika dua urutan nukleotida menunjukkan kesamaan gelar
yang mereka bisa, sesuai dengan model statistik, digunakan oleh seorang
peneliti untuk menyimpulkan urutan homolog. Model statistik yang berbeda ada
untuk urutan protein. NCBI menawarkan berbagai BLAST berbasis alat untuk
menganalisis berbagai jenis data. Selain menggunakan BLAST untuk mendukung
sebuah kesimpulan tentang homologi antara dua urutan, adalah mungkin untuk
BLAST urutan query terhadap genom manusia atau genom mouse untuk mencari
sekuens homolog.
Ada juga 5 program utama dalam
BLAST, yaitu :
- nucleotide blast (blastn) : membandingkan
suatu sekuen nukleotida yang kita miliki dengan database sekuen nukleotida
- protein blast (blastp) : membandingkan
suatu sekuen asam amino yang kita miliki dengan database sekuen protein
- blastx : membandingkan produk translasi
konsep 6-frame sebuah sekuen nukleotida (translated nucleotide) yang kita
miliki dengan database sekuen protein
- tblastn : membandingkan suatu sekuen
protein yang kita miliki dengan database sekuen nukleotida yang secara
dinamis ditranslasi pada semua pembacaan 6 frame.
- tblastx : membandingkan suatu translasi 6
frame dari nukleotida
NCBI juga
memiliki alat analisis data meliputi Elektronik-PCR, yang menempatkan urutannya
pada urutan situs terpopuler, dan BLAST-Link (Blink), yang menunjukkan
keberpihakan BLAST protein untuk setiap urutan protein yang ditemukan dalam
Entrez. Melalui website NCBI seorang peneliti dapat mengakses begitu banyak
alat analisi yang berkaitan dengan biologi molekuler. Selain itu NCBI juga
memiliki daftar lengkap non lengkap yang juga berhubungan dengan biologi
molekuler. Sebuah daftar lengkap non-alat meliputi: OrfFinder (untuk
membuka-membaca frame), RefSeq, UniGene, SNP Database (untuk single-nukleotida
polimorfisme), Human Genome Sequencing, MapViewer Manusia (untuk melihat draft
dari proyek genom manusia), Ekspresi gen Omnibus, Online Mendelian Inheritance
in Man (OMIM) (katalog penyakit genetik manusia), Database Modeling Molekuler
(MMDB) yang merupakan database protein 3D struktur, dan Conserved Domains
Database (CDD).
Jika seorang ingin mencari
referensi tentang biologi molekuler, NCBI menyediakan menu populer lainnya, yaitu
Pubmed, Pubmed Central, dan Pubmed Health. Pubmed adalah media penyedia
referensi berupa sitasi, buku dan jurnal yang bersumber dari para ilmuwan
biologi molekuler di seluruh dunia. PubMed memiliki lebih dari 22 juta kutipan
untuk literatur biomedis dari MEDLINE, jurnal ilmu kehidupan, dan buku secara
online. Kutipan-kutipan yang tercantum dapat menyertakan link ke konten teks
lengkap dari Pubmed Central dan situs web penerbit. Sedangkan Pubmed Health ini
memiliki jutaan buku dan jurnal tentang semua aspek pengobatan dan perawatan
kesehatan yang berasal dari The US National Library of Medicine (NLM) yang
merupakan perpustakaan medis terbesar di dunia. Pubmed Health juga memberikan layanan
elektronik yang memberikan triliunan byte data ke jutaan pengguna setiap hari.
Sumber :
